치과 기공업을 하는 D법인은 연구·개발(R&D) 활동에 지출한 인건비라며 수천만원을 R&D 세액공제를 신청했다. 신청서를 받은 국세청은 연구소 인력 현황이 확인되지 않는다며 기업에 해명을 요청했다.
해당 법인은 한국산업기술진흥협회로부터 받은 연구소 인정 관련 내용을 해명자료로 제출했다. 하지만 해당 자료에서 연구소의 인정기간과 인정번호가 상이한 것으로 나타났다.
국세청은 해당 협회에 연구소 인정 여부를 문의했고, 협회는 “사후관리 대상기간 이전에 연구소를 자진 취소했고, 그 이후 재인정 받은 사실이 없다”고 설명했다. D법인이 자료를 조작해 제출했던 것이다. 국세청은 D기업이 신청한 R&D 연구원 세액공제를 부인하고, 공제한 금액 전액을 추징했다.
실제 연구·개발는 하지 않으면서 허위 연구소를 설립하거나 해외 논문을 짜집기 하는 방식으로 R&D 세액공제를 받은 기업들이 대거 적발됐다.
국세청은 부당공제 혐의를 정밀 분석한 결과, 지난해 864개 기업을 적발하고 이들이 부당공제를 받은 270억원을 추징했다고 20일 밝혔다. 국세청이 추징한 R&D 세액공제 부당공제 규모는 3년 만에 10배로 늘었다.
국세청은 2021년 이후 R&D 세액공제를 부당하게 신청하는 법인들이 늘자, 2023년부터 해당 분야를 전담하는 본청 전문심사관과 지방청 전담팀을 통해 해당 공제에 대한 검증을 강화하고 있다.
부당한 방법으로 R&D 세액공제를 하는 방식으론 ▲타인 논문 도용 제출 ▲일반직원을 연구원으로 허위 등록 ▲일반 연구개발을 신성장·원천기술 개발로 신청 ▲연구소 정보 허위 조작 등이다.
타인 논문 도용은 해외 등의 논문을 복제･인용하고 수치나 사진을 단순 변형･모방해 실제 연구개발을 수행한 것처럼 가장하는 방식을 말한다. 컨설팅 업체가 R&D 활동을 하지 않은 기업의 연구노트 등 연구 증거서류와 사후관리 과정에서 해명자료를 대리 작성하는 사례도 있었다.
한 교육서비스업 업체는 R&D 인력이라며 세액공제를 신청했지만, 국세청이 검증한 결과 홍보·교육을 담당한 일반 직원이었던 것으로 확인된 사례도 있었다.
고율의 공제가 적용되는 신성장·원천기술(공제율 30~40%) 및 국가전략기술(공제율 40~50%) 세액공제 법인을 전수 분석하고 면밀히 검증한 결과, 일반 연구개발 공제율(25%) 대신 높은 공제율을 적용한 기업도 69곳에 달했다.
과학기술정보통신부 등 관계부처로부터 연구소를 인정받지 않았거나, 연구소 인정이 취소된 기업 등에 대한 자료를 수집·분석한 결과, 178개 기업이 부당공제를 받은 사실이 확인됐다. 국세청은 이들 178개 기업으로부터 30억원을 추징했다.
연구개발출연금을 세액공제 신청 시 제외하지 않고 과다공제 받은 기업도 48곳에 달했다.
국세청 관계자는 “허위 연구소 설립, 타인 논문 복제 등 지능적 탈세행위에 대한 정보수집 및 모니터링을 강화하고 연구개발 활동 불분명 기업에 대한 검증을 지속적으로 확대해 과세 사각지대를 줄여 나가겠다”고 말했다.
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